卫生纸到底环保不环保？
由于卫生纸“用完即弃”的特性，过去有环保团体指出，不应浪费珍贵的木浆来造卫生纸，而应该转用芦苇或竹之类生长速度较快的植物，甚至应该循环使用报纸来制成卫生纸。1990年代中期，香港曾有一种标榜用再生报纸制成的纸巾，但由于报纸的油墨很难脱色，使纸巾的表面有不少黑点，加上纸质较差，使它在市场上的反应不好。
用过的卫生纸丢进马桶还是垃圾桶的争议
全世界绝大部分地区的人如厕后用的卫生纸跟纸巾都是丢进马桶。不过为了避免堵塞，在中国大陆地区都有不成文规定，会把用过的卫生纸丢在厕所旁的垃圾筒内，而在这些地方，不论男厕或女厕的马桶旁均放有垃圾筒，台湾的洗手间也有类似的习惯。但是，如果在没有定时清理垃圾筒的情况下，沾黏粪便的卫生纸，可能会使卫生环境恶化，成为病菌的散布源头。
2016年起，台湾官方已经开始宣导如厕后的卫生纸直接丢入马桶的概念，但因台湾部分房舍排水设施过于老旧以及个人的使用习惯的缘故，成效仍尚待观察。
